背景

王莽的残酷压榨，加上一连串的天灾，逼得农民走投无路，纷纷起义。东方和南方都有大批的农民起来反抗官兵。尤其是今河北、今山东、和今湖北三个地区，农民起义不断。

公元17年，南方荆州（今河南南部，湖北大部，湖南大部）闹饥荒，老百姓不得不到沼泽地区挖野荸荠充饥。

王匡、王凤就把一批饥民组织起来起义，一下子就聚集了好几百人，还有一些逃亡的犯人也来投奔他们。王匡他们占领了绿林山（今湖北省京山市大洪山）作为根据地，攻占附近的乡村。不到几个月工夫，这支起义军发展到七八千人。

起始

公元18年，领袖樊崇带领几百个人占领了泰山（泰山郡，今山东泰安一带）。起义军不到一年工夫，就发展到一万多人。次年，东海人徐宣、谢禄、杨音等聚众数万人，一起归附樊崇，起义队伍迅速扩大。吕母死后，其众也加入到樊崇的起义军中。

起义军一直以泰山郡（今山东泰安）为主要根据地，在青州（今山东中部）和徐州（今江苏北部）之间来往打击官府、地主。起义军没有文书、旌旗、部曲、号令，只是以言语相约束，共同遵守“杀人者死，伤人及盗者抵罪”的纪律。由于樊崇的起义军很讲纪律，百姓能拥护他们。

得名

公元21年，起义军与翼平连率（即北海太守）手下将领田况的军队在姑幕（今山东诸城西北）展开激战，田况军大败，被歼一万余人。

公元22年，王莽派太师王匡（和绿林军中的王匡是两个人）和将军廉丹率领十万大军去镇压樊崇起义军。樊崇作好准备，跟官兵大战。为了避免起义兵士跟王莽的兵士混杂，樊崇叫他的部下都在自己的眉毛上涂上红颜色，作为识别的记号。这样，樊崇的起义军得了一个别名，叫"赤眉军"。

转战

成昌之战中，起义军大败王莽军。击败王匡和廉丹后，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州和豫州各地。起义军被围歼的局面结束，积极发展自身势力。公元23年，绿林军拥戴的更始皇帝刘玄攻入长安，灭王莽新朝。赤眉军先是愿意降于更始，但看到更始帝刘玄的腐化堕落之后，双方随即开战。

立帝

公元25年，赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领进攻关中，因笃信城阳景王一神，拥立其后裔刘盆子为帝，徐宣任丞相，而樊崇因为不识字，任御史大夫。

面对赤眉军的进攻，更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安。初设刘玄为长沙王，后被赤眉军所杀。

败亡

赤眉军入长安时，由于长安等地残破不堪，由受到当地地主豪强抵抗，只能抛弃长安。出城后，赤眉军继续向西流浪，四处找寻粮食，至陇西时遭隗嚣大军，大败而逃，逃亡时忽遇大雪士卒损失过半。随后，赤眉军被刘秀

中的邓禹部击败，赤眉军遂决定离开关中。公元27年，在崤（今河南洛宁）和宜阳再次被刘秀军冯异打败，樊崇等人投降，初被赦免。后刘秀以樊崇等人计划谋反为名，将其杀害。