中国历代封建王朝，在宗法、礼数制度上皆依据周礼。《礼记·王制》：“天子七庙，三昭三穆，与大祖之庙而七。” 《礼器》中记载：“礼有以多为贵者，天子七庙。” 这个意思是说，太庙正殿中只能供奉七个皇帝，除了开国之君（一般是太祖）外，其他皇帝的牌位都是“亲尽则祧”。 “亲尽”就是说，超出了与现任皇帝的亲缘关系。“父为昭，子为穆”，如果死去的皇帝，出了这三昭三穆的关系了，就要被“祧”。 所谓的“祧”就是把牌位从正殿中挪出来，放到太庙后面的偏殿（称为“祧庙”）中单独供奉。而开国太祖则“万世不祧”，不管关系多远，都稳居太庙正中。
明朝的制度稍微有些变化，一般是供奉九位皇帝，除了开国皇帝太祖朱元璋，还有他后面的直系子孙们做了皇帝的（注：第二位皇帝，朱元璋的孙子建文帝因为被其叔叔永乐帝赶下台，后不知所踪，因此他没有占据太庙），到了嘉靖皇帝继位的时候是这么几位霸占着太庙：
- 朱元璋
- 明太宗朱棣
- 明仁宗
- 明宣宗（宣德皇帝）
- 正统帝（天顺帝）
- 景泰帝（注：景泰皇帝能在太庙，完全是他侄子成化皇帝不计前嫌的功劳，在他哥哥天顺帝当朝的时期，他是不入太庙的，毕竟土木堡之变后，兄未死而弟夺位，也算是“手足相残”过）
- 明宪宗成化皇帝
- 明孝宗弘治皇帝
- 明武宗正德皇帝
这9位死后身列太庙的皇帝们的谱系图如下：
嘉靖帝是正德皇帝朱厚照的堂弟，因为正德皇帝朱厚照贪玩，死得早没有儿子才“侥幸”被选中进了京城得以继承皇位，很显然，嘉靖父亲兴献王并没有当过皇帝，他们家这一支如果不做出巨大“革新”就一定要去祧庙。为了认爹，嘉靖还和大臣们结结实实地闹过一场，宫前抗议被庭杖打死了不少人，杨慎这些人都是因为这个倒了血霉了，史称“大议礼之争”。 嘉靖皇帝封自己的爹成了皇帝还不够，还远见卓识地想把他自己也弄进太庙去。但是那时候，太庙中的九个名额已经满了，要是再塞进去他爹，就得祧一个出来。论亲缘关系，朱元璋之下当然是朱棣和嘉靖最远，所以如果要祧的话，无疑该把朱棣祧出来。 可是太宗文皇帝建立过何等功绩，就算嘉靖敢祧一个祖宗出来，也不敢祧他。这点自知之明嘉靖还是有的，于是嘉靖十七年九月，改朱棣的谥号为“启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，庙号则改为“成祖”，这样可以使他与朱元璋并称祖，同为“万世不祧”之君，在太庙正中供奉。 这样，被祧的就是除了太祖成祖之外的亲缘关系最远的皇帝，于是就该轮到仁宗朱高炽了。徐阶等人也上书说“今仁宗为皇上五世祖，以圣躬论，仁宗于礼当祧”，于是兴献王成了睿宗，于嘉靖十七年入太庙（祔太庙），而明仁宗则被祧出来放进了后殿。 这就是朱棣之所以自此不再是明太宗而改为明成祖的原因。
重新排序之后的太庙里面的座次分布如下：
1. 明太祖、明成祖 （二祖并列第一）
3. 明宣宗（宣德皇帝）
4. 明英宗 （正统、天顺皇帝）
5. 景泰帝（后在南明时被弘光帝改为明代宗）
6. 明宪宗 （成化皇帝）
7. 明孝宗 （弘治皇帝）
8. 明睿宗（兴献王，嘉靖皇帝的父亲，在太庙中居左4）
9. 明武宗 （正德皇帝，嘉靖皇帝的堂哥，至此屈居第9位，在太庙中居左5位）
不过，据说嘉靖为了自己老爹能有太庙的名额而改庙号的事让列祖列宗很不爽，为父亲改名几年后，嘉靖二十年四月太庙发生了火灾，付之一炬，不少人认为是朱棣和儿子明仁宗（为了这个大肆篡改历史的后代）在天显灵了。《万历野获编》中记载“按成庙旧号太宗，先是十七年改称祖，而兴献帝新称宗，其主与成祖同入庙，说者谓文皇帝神灵不豫使然”）。