辽阔如卫藏地域，繁多如卫藏教派，元朝怎样才能有效管理呢？传奇君臣忽必烈和八思巴想到了一招，实施效果杠杠的！
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蒙古政局与卫藏
公元1247年，卫藏佛教领袖萨迦班智达与蒙古阔端王子在凉州会晤，标志着卫藏正式纳入中国版图，成为不可分割的一部分。
虽然萨班带领萨伽派走出坚实的第一步，但是并不代表他们真的可以统领卫藏。萨班的荣光被其他教派眼红，蒙古人表现出来的武力值已经也被大家看在眼中，各大教派纷纷去找大腿抱，以期扩大势力。
帕竹噶举派和雅桑噶举派抱上旭烈兀王子的大腿；直贡噶举派抱上了忽必烈王子的大腿，达垅噶举派则和阿里不哥王子关系密切。
随着蒙古汗国的政局动荡，卫藏的局势也随之变动，拖雷系的蒙哥胜出成为新的大汗，和窝阔台系一起失势的萨伽派顿时成了冷灶，又逢萨班去世，萨伽派遭受了几乎灭顶的打击，眼看萨伽派要被其他教派削弱，十七岁的八思巴挺身而出，接任萨迦法王，带领萨伽派面对更为复杂的局面。
忽必烈南征大理时，看到噶玛噶举势力颇大，就传召噶玛拔希会晤，想和他们建立关系。然而，噶玛拔希觉得忽必烈王子的腿没有蒙哥汗的腿粗，没搭理忽必烈，反而接受了蒙哥汗的传召去和林了，在那里受到蒙哥和阿里不哥的宠信。
受到噶玛噶举冷落的忽必烈又选择萨伽派的八思巴，八思巴欣然领命前去和忽必烈会晤，并坚定地和他站在一起，还成为忽必烈的宗教老师，两人建立起亲密的关系。
也该噶玛噶举派倒霉，蒙哥汗南征竟然死在战场上，阿里不哥也没有成为最后的胜利者，反而是他当初没看上的忽必烈打赢内战取得胜利，成为新的大汗。
站队站错的噶玛拔希被忽必烈囚禁，噶玛噶举派遭受打压，直到元末才翻过来身。八思巴则陪着忽必烈站在胜利的顶端，重沐萨伽派的荣光，登上卫藏的权利巅峰。
中统元年（1260）十二月，忽必烈封八思巴为国师，授玉印，命他统领天下释教，八思巴的弟弟恰那多吉被封为白兰王，统领吐蕃世俗，尚墨卡顿公主（宗王阔端女）。
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宣政院的应运而生
卫藏对于其他王朝或许是蛮荒，但是对于元朝来讲，并不是边陲之地，而是与中亚、西亚联系的交通要道，卫藏地区稳定发展了，元朝与西域诸国的交通才通畅无比，因此，元朝必须经营好卫藏地区。
卫藏地区教派林立，宗教可以通过佛教经义抚慰饱受战乱之苦的民众们，减弱他们精神上的痛苦，而统治者就需要一个机构去管理这些宗教，这才是宣政院应运而生的原因。
至元元年（1264），忽必烈让八思巴、恰那多吉兄弟回卫藏主持建立地方行政体制，按照忽必烈的计划，八思巴掌管宗教，恰那多吉掌管世俗事，政教合一于萨伽派一身。
同时，忽必烈还下诏设立一个机构，就是宣政院的前身“总制院”，“总制院者，掌浮图之教，兼治吐蕃之事”。（《元史》卷205·桑哥传）以国师八思巴领院使，总制院直属中央政府管辖，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃地区的军政事务。
“宣政院，秩从一品，掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之。遇吐蕃有事，则为分院往镇，亦别有印。如大征伐，则会枢府议。其用人则自为选。其为选则军民通摄，僧俗并用。至元初，立总制院，而领以国师。二十五年，因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名宣政院。”（《元史》·卷87·志37）
被尊封为国师的八思巴，非常积极的发挥自身的作用和影响，不仅在卫藏地区建立行政体制，稳定藏区、树立萨伽派的权威；还进献蒙古新字（八思巴字），为忽必烈弥补制度上的不足；八思巴又在大都举行宗教活动，主持皇室佛事事务，并形成制度延续下来。
至元七年（1270），忽必烈封八思巴为帝师大宝法王，从此，帝师成了佛教的最高领袖，八思巴就是元朝第一位帝师。
在乌斯藏，元朝皇帝的诏令和帝师的法旨并行，也因为帝师的存在，藏传佛教在全国宗教中处于优越地位。
虽然八思巴领总制院使，但事实上，帝师领院使只是挂名，总制院第一任实际院使是八思巴很赏识的桑哥。至元二十五年（1288），尚书省右丞相兼总制院使桑哥建议把总制院更名为宣政院，仍以桑哥兼宣政使。
“桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之，奏改为宣政院，秩从一品，用三台银印。”（《元史》卷205·桑哥传）
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宣政院的职责
宣政院设在京师，地位和枢密院、中书省、御史台并列，可以不通过中书省任命官员，一般情况下，宣政院使都由丞相兼任，副使则由帝师举荐。
吐蕃行政机构的设置及官员任免、升降、赏罚，都要听中央和宣政院的；宣慰使都元帅、元帅、转运，甚至万户长，部分重要的千户长等高级官员则由宣政院或者帝师推荐，然后皇帝再任命。
作为天下寺院的最高管理机构，宣政院的主要职责之一就是维护僧众的特权利益，如武宗时期曾经颁布诏令
“而宣政院臣方奏取旨：凡民殴西僧者，截其手；詈之者，断其舌。时仁宗居东宫，闻之，亟奏寝其令。”（《元史》卷202·列传89释老传）
宣政院的职责之二就是管理佛事，如修建寺庙，主持佛事，刻印经书等等耗费钱财的事情。
上述两个职责是掌管天下释教的，在管理吐蕃事务上，宣政院的权力更大，其一：军事方面，直接负责吐蕃地方的军事，有权设置军事机构、任命军事长官；负责对吐蕃地区反叛部落的征讨。
最初宣政院只有任命长官权而没有发兵平叛权，必须和枢密院合作，枢密院派兵，元仁宗继位后在至大四年（1311）八月令西蕃军务隶属宣政院，宣政院才真正全面负责吐蕃地方军事。
其二，在行政方面，宣政院负责行政机构的设置和官员任命以及军民财谷，还有吐蕃驿站的管理和驿户的救济。
其三，负责有关僧人的刑事案件和纠纷，遇到僧人涉案的案子，都要由宣政院会同御史台共同审理。因此，经常发生宣政院偏袒蕃僧的事情发生，直到元仁宗继位后的至大四年（1311）十月才下令停止宣政院问僧人词讼。
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宣政院的分支
宣政院之下有行宣政院，作为地方管理机构的只有杭州一处，至元二十八年（1291）九月，在南京水西门赏心亭设立行宣政院，品秩从二品，管理江南诸省地面僧寺功德词讼等事，至元三十年（1293）迁到杭州，取代杨琏真伽的江南释教总统所职责。
仁宗继位后改革庶务，曾经把侵民、扰民的行宣政院罢黜，但在七年后，延祐五年（1318）九月，在奸佞铁木迭儿的运作下，复立行宣政院。
泰定三年（1326）八月，泰定帝再次罢行宣政院以及功德使司，设立十六处广教总管府摄事，但并未落实到位，二个机构一直存在。文宗天历元年（1328），第三次罢行宣政院，不过又在顺帝元统二年（1334）正月，复立行宣政院，罢广教总管府，直到元朝灭亡，行宣政院一共存在63年。
除了行宣政院之外，宣政院之下还有另一种纯军事性质的宣政院，仅限于吐蕃地区，一般情况都是吐蕃有叛乱的时候，朝廷设立行宣政院，讨平贼寇，就是临时性质的。
早在杭州行宣政院设立之前，忽必烈就在杭州设立江南（江淮）总摄（总统）所，掌管江南释教，免除僧众租赋。鼎鼎大名的杨琏真伽就是江南总摄，这厮在江南多有不法之事，比如挖掘南宋皇陵修天衣寺，抢占民田修建寺庙，严重损害老百姓的利益。
至元二十八年（1291）桑哥被诛杀，杨琏真伽作为他的党羽受到牵连，这个总统（总摄）所虽然没有被撤销，气焰一落千丈，最终随着杭州的行宣政院设立而湮灭无踪。
除了以上介绍的，宣政院在各地还有其他管理僧政的机构，比如大都总统所，西夏僧总统所（治所在中兴府），陇西四川总摄所，哈的结鲁伴卜总统所（治所在临洮府）。
在吐蕃还分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰司都元帅府（乌思藏宣慰司）。
乌斯藏就是指卫藏、阿里三围行政区；朵思麻（安多藏区）是指青海东部和南部、四川阿坝以及甘青川连接地带；朵甘思指青海玉树、四川甘孜以及昌都地区。
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萨伽的帝师
从八思巴开始，元朝一共有十四位帝师，八位出自款氏家族，六位出自帝师弟子或者侍者。帝师要给皇帝传授佛戒、举行灌顶仪式，带领僧众做佛事，为皇帝及皇室镶灾袪难、祈祷国运；还要主管宣政院、管理吐蕃大小事务。
帝师不但是皇帝和皇室成员的精神支柱，还是全国佛教僧人的领袖，地位非常崇高，群臣聚会，帝师坐在群臣之上，帝王后妃受戒之时，都要跪拜帝师。
萨伽派的帝师们利用皇帝对他们的尊崇扩大本教，皇帝则利用帝师们的名头加强对吐蕃地区的管理，各取所需。因为帝师是款氏家族世袭的，帝师多为年少上位，很少掌管实权，真正起作用的都是萨伽本钦，萨伽本钦才是卫藏真正的最高行政长官。
八思巴在位晚期，就发生过一起本钦谋逆案，至元十三年（1267），八思巴的弟弟白兰王恰那多吉病死，年仅28岁。八思巴任命叔叔萨班的侍者释迦桑波出任萨迦本钦，管理乌斯藏。
释迦桑波去世后，八思巴又举荐贡嘎桑布接任本钦一职，就是这个贡嘎桑布，获得权力后与八思巴作对。
忽必烈知道后很生气，派桑哥率军去修理贡嘎桑布，至元十七年（1280）桑哥入藏，诛杀贡嘎桑布，把他的支持者流放到江南，而八思巴也在这一年去世，年仅46岁。
八思巴的异母弟仁钦坚赞是萨伽派第二位帝师，在八思巴去大都的时候就在萨伽代掌教务，八思巴返藏后又把他派到大都固宠，也被忽必烈封为帝师，并且死在八思巴前边。
因为忽必烈对八思巴的信任，全力扶持萨伽派，所以元朝皇帝认为帝师必须出自款氏家族，只有款氏没有男性继承人时才由其他人担任。
萨伽派一直都是伯侄传承关系，几个儿子中，年长的出家为僧，小儿子结婚生子繁衍后嗣，这样做虽然能减少兄弟阋墙的发生，但同时会造成男丁稀少的隐患。
恰那多吉死后，遗腹子达玛巴拉继承伯父八思巴的帝师之位，但他没有兄弟，忽必烈又强迫他迎娶宗室女，生了儿子达玛巴扎，但是很不幸，这父子俩一个早亡，一个夭折，款氏嫡系断绝，帝师才由非款氏家族的高僧担任。
从第四任到第七任四位帝师都不是款氏子弟，直到元成宗时，把流放在江南的款氏唯一后裔达尼钦波桑波贝召回，把妹妹门达干公主嫁给他，并让他多娶几个妻妾多生孩子，为款氏续命。
达尼钦波桑波贝一气儿生了十几个儿子，第八任、第十任、第十二任帝师都是他的儿子，没儿子闹心，儿子多了更闹心，各个争权夺利，第八任帝师贡噶洛追坚赞贝桑布就分众兄弟为四个拉章，拉章是藏语的音译，有善知识住处之意，也是寺院或者道场的名称。
四个拉章就是四个寺院，由帝师贡噶洛追坚赞贝桑布的异母兄弟们担任座主，分裂萨伽派，为萨伽政权被帕竹政权取代奠定一部分基础，这大概是贡噶洛追坚赞贝桑布始料未及的。