1638年，漠北喀尔喀蒙古三汗——车臣汗、土谢图汗和札萨克图汗——向皇太极献“九白之贡”（八匹白马和一头白骆驼），表达了友好。但此时，喀尔喀蒙古和清王朝彼此之间并不存在统治与被统治的关系。

到了清代康熙年间，准噶尔蒙古在一代雄主噶（gá）尔丹的统治下迅速崛起，兵锋所指，首先就是喀尔喀蒙古，喀尔喀蒙古在与噶尔丹的战争中连战连败，不得已举国内附，南下求取清王朝的保护，清王朝接纳了喀尔喀蒙古诸部，将其安置在乌兰察布，锡林郭勒，呼和浩特和张家口一带游牧，由此引发了与噶尔丹统帅的准噶尔蒙古漫长的战争。

康熙二十九年（1690），清帝国与准噶尔汗国在萨里克河边的乌兰布通峰进行的一场大战，两军各使解数，双方死伤枕藉（jiè），据传教士张诚的记载，双方当日以大炮火枪互轰开始，激战竟日，双方士卒多次肉搏，乌兰布通之战，最终以准噶尔军弹药耗尽，噶尔丹撤退告终。

击退噶尔丹后，康熙在多伦（今内蒙古多伦县）召集喀尔喀蒙古上层贵族举行会盟，这就是历史上著名的“多伦会盟”。

多伦会盟依照漠南蒙古，将喀尔喀蒙古编成34旗，废除了喀尔喀三部旧有的济农、诺颜等名号，贵族改授以汗、亲王、郡王、贝勒等爵位，多伦会盟正式确立了清王朝和漠北蒙古之间中央与地方的关系，被历史学家视为清王朝统治漠北蒙古的起点。

“需要指出的是，准噶尔的崛起，受到了扩张中的沙俄的支持，这一点毋庸置疑。但是一些历史学家出于某种原因，将准噶尔蒙古和沙俄之间的关系，或丑化为准噶尔投靠沙俄，或斥责为沙俄的阴谋挑唆，这都有失公正。”现代学者朱江明说，“准嘎尔蒙古政权的存在甚至早于清朝，她与沙俄之间的外交关系，无论目的如何，都属于平等的国家外交，噶尔丹从沙俄获取的大量火枪和火炮，也都是通过贸易交换而来，从现有的文件来看，当时沙俄和准噶尔，也都是以盟友的态度来看待对方的。”

清王朝与准噶尔蒙古的战争经历了康熙雍正乾隆三个朝代，共八十余年，战争结束后，在乾隆中后期，清王朝将喀尔喀蒙古与科布多、唐努乌梁海地区合并称为乌里雅苏台，设乌里雅苏台将军，清王朝将乌里雅苏台将军所辖地区称为“外蒙古”，与漠南地区的“内蒙古”对应，这就是“外蒙古”这一名称的由来。

“外蒙古的归附，一方面是由于准噶尔的强大压力，另一方面，也是清王朝仗义援手的结果，应当说，对于清王朝的援助，喀尔喀蒙古贵族普遍是抱有感激之心的，终清朝一世，外蒙始终保持着对清王朝的忠诚。至清末时，面对全国遍起的革命烽火，若干满洲大将还想把溥仪接到外蒙古，依托内外蒙和青海、甘肃割据，并得到部分外蒙贵族的支持。”朱江明说，“但同时，由于清王朝实施的‘民族分治’政策，外蒙古对清王朝的忠诚，始终只限于清朝皇室，而对于中原内地少有认同感，他们和汉族的融合程度也非常低。”

“就以喀尔喀蒙古为例”朱江明接着说，“康熙时分34旗，雍正、乾隆两朝又加以细分，多达86旗，各旗之间都划定牧场，严禁越境游牧即所谓‘内外札萨克之游牧，各限以界’。”

“对于内地迁往外蒙地区的汉族游民，清政府采取设置府州县厅的方法，与蒙古各旗分别治理，也就是‘分疆别界，各有定制’。”朱江明继续说，“对于蒙汉之间的通婚，清政府也实行严格限制，汉人娶蒙古妇女，要被官府强制分开，还要处以罚款，蒙古人学习汉语、取汉族名字，也要遭到处罚。”

“蒙古王公台吉等不准请内地书吏教读，或担任书吏，蒙古公文用词也不能擅用汉文，蒙古人进入内地只能从山海关、喜峰口、古北口、独石口、张家口、杀虎口等六处入关，入关时登记人数，出关时仍照原数放出，擅自从其他地方进入内地，要遭到严惩。”朱江明最后说。

在外蒙古，民族隔阂的政策执行得非常严厉。在内蒙古，清王朝较为注重推广汉族的儒家文化，强调“忠孝之义”，经常有到内地做官的内蒙贵族，且大都官高爵显、深得清王朝信任，比如出身于科尔沁蒙古的僧格林沁，这些使得内蒙对于中原地区的认同感，比外蒙更强烈一些。