关于病菌的历史作用的最令人生畏的例子，来自随同哥伦布1492年的航行而开始的欧洲人对美洲的征服。虽然被那些杀人不眨眼的西班牙征服者杀死的印第安人不计其数，但凶恶的西班牙病菌杀死的印第安人却要多得多。为什么在欧洲和美洲之间这种可怕的病菌的交流是这样不对等？为什么印第安人的疾病没有大批杀死西班牙入侵者，并传回欧洲，消灭掉欧洲95%的人口？同样的问题也出现在被欧亚病菌大批杀死的其他土著身上，以及企图征服亚非热带地区的欧洲人身上。

人类历史上致命病菌的重要性，可以从欧洲人征服新大陆并使那里人口减少这件事得到很好的例证。印第安人在病床上死于欧亚大陆的病菌的，要比在战场上死于欧洲人的枪炮和刀剑下的多得多。这些病菌杀死了大多数印第安人和他们的领袖，消磨了幸存者的士气，从而削弱了对欧洲人的抵抗。

例如，1519年科尔特斯率领600个西班牙人在墨西哥海岸登陆，去征服拥有好几百万人口的勇猛好战的阿兹特克帝国。科尔特斯到达阿兹特克的首都特诺奇提特兰城，又带着他的“仅仅”损失了三分之二的队伍逃走，并一路打回海岸，这既证明了西班牙人的军事优势，也证明了阿兹特克人开始时的幼稚。但当科尔特斯的第二次袭击来到时，阿兹特克人就不再幼稚，而是极其顽强地展开了巷战。

使西班牙人取得决定性优势的是天花。1520年，天花随着一个受到感染的来自西班牙属地古巴的奴隶到达墨西哥。由此而产生的天花流行接着杀死了阿兹特克的近一半人口，包括奎特拉瓦克皇帝。大难不死的阿兹特克人也被这种怪病弄得士气低落，因为这种病专杀印第安人而竟不伤害西班牙人，就好像在为西班牙人的不可战胜作宣传似的。到1618年，墨西哥原来2000万左右的人口急剧减少到160万左右。

皮萨罗于1531年率领168个人在秘鲁海岸登陆去征服有几百万人口的印加帝国时，同样带来了一场浩劫。对皮萨罗来说幸运的而对印加人来说不幸的是，天花已在1526年由陆路到达，杀死了印加的很大一部分人口，包括瓦伊纳·卡帕克皇帝和他的指定继承人。皇位空缺的结果是使瓦伊纳·卡帕克的另两个儿子阿塔瓦尔帕和瓦斯卡尔卷入了一场内战，使皮萨罗在征服这个分裂的帝国时坐收渔人之利。

当我们美国人想到1492年的新大陆人口最多的社会时，出现在我们心头的往往只有阿兹特克人和印加人的社会。我们忘记了北美洲也曾在那最合逻辑的地方——密西西比河流域养活了人口众多的印第安人社会，我们今天的一些最好的农田就在这个地方。然而，在这种情况下，西班牙征服者对于摧毁这些社会并未起到直接的作用；一切都是由事先已经传播的欧亚大陆的病菌来完成的。

当埃尔南多·德索托成为第一个欧洲征服者于1540年在美国东南部行军时，他来到了两年前因当地居民死于流行病而被放弃的一些城镇旧址。这些流行病是从沿海地区印第安人那儿传来的，而这些印第安人又是被到沿海地区来的西班牙人感染的。西班牙人的这些病菌赶在这些西班牙人之前向内陆传播了。

德索托仍然看得到密西西比河下游沿岸的一些人口稠密的印第安城镇。在这次远征结束后，又过了很久，欧洲人才又一次到达密西西比河河谷，但这时欧亚大陆的病菌已在北美洲安家落户，并不断向四处传播。到欧洲人下一次在密西西比河下游出现，即17世纪初法国移民出现时，所有这些印第安人的大城镇已经消失殆尽。

它们的遗迹就是密西西比河河谷的那些大土堆。直到最近我们才知道，构筑这种大土堆的社会，有许多在哥伦布到达新大陆时仍然大部分完好无损，它们的瓦解（可能是疾病造成的结果）是从1492年到欧洲人对密西西比河进行系统勘探这一段时间里发生的。

考古发掘和对最早的欧洲探险者所留下的关于我们海岸地区的详尽描写表明，印第安人原来的人数在2000万左右。就整个新大陆来说，据估计在哥伦布来到后的一两个世纪中，印第安人口减少了95%。主要的杀手是旧大陆来的病菌。印第安人以前从来没有接触过这些病菌，因此对它们既没有免疫能力，也没有遗传抵抗能力。天花、麻疹、流行性感冒和斑疹伤寒争先恐后地要做杀手的头把交椅。好像这些病还嫌不够似的，紧随其后的还有白喉、疟疾、流行性腮腺炎、百日咳、瘟疫、肺结核和黄热病。

在无数情况下，白人实际上在当地亲眼目睹了病菌来到时所产生的破坏。例如，1837年，具有我们大平原最精致的文化之一的曼丹族印第安部落，从一艘自圣路易斯沿密苏里河逆流而上的轮船上感染了天花。某个曼丹人村庄里的人口在几个星期之内就从2000人急剧减少到不足40人。

虽然有十几种来自旧大陆的主要传染病在新大陆安家落户，但也许还没有一种主要的致命疾病从美洲来到欧洲。唯一可能的例外是斑疹伤寒，但它的原发地区仍然是有争议的。如果我们还记得稠密的众多人口是我们的人群传染疾病演化的先决条件的话，那么病菌的这种单向交流就甚至更加引人注目。如果最近对前哥伦布时代新大陆人口的重新估计是正确的，它不会比同时代的欧亚大陆人口少得太多。新大陆的一些城市，如特诺奇提特兰城，属于当时世界上人口最多的城市。为什么特诺奇提特兰城没有可怕的病菌在等待着那些西班牙人呢？

一个可能的起作用的因素是，新大陆开始出现稠密人口的时间要稍晚于旧大陆。另一个因素是，美洲的3个人口最稠密的中心——安第斯山脉地区、中美洲和密西西比河流域——并未由于经常性的快速贸易而连成一个巨大的病菌繁殖场，就像欧洲、北非、印度和中国在罗马时代连接起来那样。

然而，这些因素仍然不能说明为什么新大陆最后显然完全没有任何流行的人群病。据报道，在1万年前死去的一个秘鲁印第安人的干尸上发现了肺结核菌的DNA，但在这方面所使用的识别方法并不能把人的肺结核菌同一种亲缘很近的在野生动物中广泛传播的病原体（牛科动物分支杆菌）区别开来。

欧亚大陆的病菌在大量消灭世界上其他许多地方的土著民族方面起了关键的作用，这些民族包括太平洋诸岛居民、澳大利亚土著居民、非洲南部的科伊桑民族（霍屯督人和布须曼人）。这些以前没有接触过欧亚大陆病菌的民族的累计死亡率在50%和100%之间。例如，伊斯帕尼奥拉岛的印第安人口，从哥伦布于公元1492年到达时的800万左右减少到1535年的零。

麻疹于1875年随着一位访问澳大利亚归来的斐济酋长到达斐济，接着把当时仍然活着的所有斐济人杀死了四分之一（在这之前，大多数斐济人已在1791年死于随着第一批欧洲人的到来而开始的流行病）。梅毒、淋病、肺结核和流行性感冒于1779年随库克船长到来，接着于1804年又发生了一场斑疹伤寒大流行以及后来的许多“较小的”流行病，把夏威夷的人口从1779年的50万左右减少到1853年的84000人。这一年，天花终于来到了夏威夷，把剩下的人又杀死了1万左右。这种例子多得举不胜举。

毫无疑问，欧洲人在武器、技术和行政组织方面拥有对他们所征服的大多数非欧洲民族的巨大优势。但仅仅这种优势还不能完全说明开始时那么少的欧洲移民是如何取代美洲和世界上其他一些地区那么多的土著的。如果没有欧洲送给其他大陆的不祥礼物——从欧亚大陆人与家畜的长期密切关系中演化出来的病菌，这一切也许是不会发生的。