巴赫的器乐作品数量浩繁，无论是在技巧还是在审美上，处处洋溢着管风琴的精神，具有无与伦比的历史地位。

管风琴曲是巴赫最重要的器乐题材。其中一个常见的结构是两个彼此独立的乐章，前一个是风格自由的托卡塔(又或是前奏曲或者幻想曲)，后面是一个严格的赋格曲。还有一些托卡塔遵循了管风琴大师布克斯特胡德的先例，采用赋格与自由织体交替的结构。

巴赫的很多管风琴前奏曲与赋格也吸收了其他体裁的一些因素，例如，他从维瓦尔第式的意大利协奏曲中借鉴了小提琴的音型、华彩乐段和类似回归曲式。

▼《D小调托卡塔与赋格》

巴赫管风琴曲的另一大类以众赞歌为主要内容，主要包括《管风琴小曲集》和其他众赞前奏曲。巴赫用各种不同的风格来创作这类作品，既有简单伴奏式的作品，也有众赞幻想曲、众赞变奏曲和众赞经文歌，甚至还有精致的协奏曲式作品。

▼《“请来，万邦的救世主”BWV 659》

《管风琴小曲集》大约完成于1717年，包括一系列短小的众赞前奏曲，是为初学者写作中等长度的管风琴众赞歌作品提供范例和学习即兴的踏板技巧而创作的。

除此之外，在键盘音乐的领域，巴赫也创作出了一些经典作品。他创作键盘音乐的时期主要分布在克滕时期至莱比锡初期（1717年－1727年）和莱比锡后期（1740年代）。

其中，《平均律钢琴曲集》（BWV 846-869，870-893）、《二声部与三声部创意曲》（BWV 772-801）是巴赫极为著名的键盘教育性作品。《英国组曲》（BWV 806-811）、《法国组曲》（BWV 812-817）和《帕蒂塔》（BWV 825-830）也是键盘名作，每套各有六首组曲。而巴赫晚年的键盘杰作当属《哥德堡变奏曲》。

在管弦乐方面，他为众多乐器谱写了协奏曲，包括四套《管弦乐组曲》 (BWV1066-1609 )及《勃兰登堡协奏曲》 (BWV1046-1051 )等。在宫廷的演出中，巴赫常任指挥，利奥波德王子也经常在乐队中演奏。

巴赫晚年还有两部重要的器乐作品，《音乐的奉献》(BWV 1079) 和《赋格的艺术》 (BWV 1080)。在《赋格的艺术》中，巴赫囊括了对位法的各种技巧，如卡农、倒影、逆行、减缩、扩张和密接合应等等，实际上对自己一生的复调创作进行了最后的总结。然而在巴赫逝世时，这部作品还尚未完成。