每年的六月，在德国萨克森州第一大城市莱比锡，都会举行盛大的巴赫音乐节。莱比锡这座城市与巴赫息息相关，巴赫曾在这里度过了整整27年的岁月。

巴赫的莱比锡时代自1723年5月，巴赫举家迁至莱比锡开始。在此之后的27年，即1723年至1750年，巴赫一直担任托马斯学校(附属于圣托马斯教堂)的乐监和莱比锡市的音乐指导，直到逝世。

巴赫在这里负责莱比锡四座主要教堂的音乐工作，并对托马斯学校的学生进行音乐教学，使之组成唱诗班为教堂仪式服务。此外，巴赫也为市政府的仪式庆典提供音乐作品。

由于路德派宗教仪式的需要，巴赫必须在每个主日（礼拜日）创作一首新的康塔塔，并为复活节等节日创作受难乐、圣母赞歌等。现存的巴赫康塔塔有两百多首，占了他作品总数的一半。

同时，巴赫也写了三部宗教清唱剧：《升天节清唱剧》，《圣诞节清唱剧》和《复活节清唱剧》。前两部作品更接近于康塔塔，由独唱、重唱以及合唱组成，加之管弦乐队或管风琴伴奏的大型声乐套曲。但在篇幅，戏剧结构和故事情节上，这两部清唱剧比康塔塔更为复杂。

而《复活节清唱剧》更接近于18世纪清唱剧和歌剧的戏剧风格，没有太多的圣经经文和众赞歌，也没有一个叙述者的角色。这部作品体现了巴赫式的神圣与世俗的融合，以及对康塔塔、歌剧和清唱剧元素的统一。

《B 小调弥撒曲》也是巴赫在莱比锡时期的一部重要作品。这是巴赫毕生对声乐的深刻探索的总结。这部作品也被后世认为是古典音乐的一个高峰。

除此以外，巴赫在这一时期创作了两部受难乐，《约翰受难乐》和《马太受难乐》。由此，德国的受难清唱剧的创作达到了一个辉煌的顶点。这些作品超越了宗教仪式音乐的局限，具有很强的戏剧性，集中体现了巴赫作品中深刻的人道主义精神。

在巴赫的晚年时期，他仍然源源不断地撰写输出自己的音乐作品。无论是《平均律钢琴曲集》的第二部，《哥德堡变奏曲》，还是以国王主题发展的器乐作品《音乐的奉献》，他的音乐都深深体现了逻辑化和深邃性的表达内核。

巴赫最后的传世之作是《赋格的艺术》，虽是未完之作，但这部作品挖掘了复音音乐对位法的所有可能性，是巴赫音乐艺术中最深层探索的精髓。

莱比锡时期是巴赫一生中创作音乐的顶峰。这一时期的巨著甚丰: 受难曲、弥撒曲、清唱剧、康塔塔、管风琴曲、《平均律键盘曲集》第二卷和一些玄奥的对位史诗。这些巨作无一不体现了巴赫音乐思想的深邃，也为后世留下了宝贵的音乐财富。