公元前479年，至圣先师孔子病逝，享寿七十三岁，葬于鲁城北的泗水岸边。此后，孔子的故居被改为庙堂，用以纪念孔子一生的功绩。但这座用于纪念孔子的庙堂，却逐渐转变为儒家的精神象征代表。当孔子成为了儒家的代名词，曲阜孔庙也就成为了儒家的重要经典建筑。随着孔子身份的提高，孔子故居变成了三个部分组成的大型纪念地。孔子曾经居住的地方是孔庙、用于祭祀孔子的是孔林，而孔子的后代子孙长居的处所则是孔府。
梁思成认为，孔庙是中国建筑史上一个极为特殊的孤例。由于中国自汉代开始发扬儒家思想，儒家的代表人孔子，也就成为了整个中华文化的思想核心人物。那孔子身故后的一起遗址，就都成为了整个中国传统思想的载体，这种特殊性是其他建筑所没有的。
曲阜孔庙大成殿
在现今的孔庙中，有一些特殊的元素。例如孔庙的大殿名为大成殿、讲经读书处称为明伦堂等等。流传2000年的孔庙中，有许多属于自身的特色。
孔子现今被称为至圣先师，是历朝历代逐步攀升的结果。在春秋战国时期，孔子很可能只是百家争鸣学说中，其中一家的代表人物。后来，由于汉武帝时赏识主张独尊儒术的董仲舒，因此孔子在两汉时期的地位有所提高。不过，接续的魏晋南北朝时代，却因为盛行玄学，孔子并未受到太多关注。真正让孔子的身份大涨，还要属唐代。
公元628年，正值贞观盛世的第二年，唐太宗追封孔子为“先圣”。后来，唐太宗或许认为单纯的将孔子称为圣贤，不足以联系彼此之间的关系。于是，贞观11年，唐太宗又改成孔子为“宣父”。此时的孔子已经成为了皇帝的父亲，是具有皇族一脉的伟大帝王。开元27年，唐玄宗干脆直接称孔子为“文宣王”。终于，孔子在那礼崩乐坏的岁月里，没有获得的封号，在1000后受封为王。不过，孔子本人或许并不乐见这种僭越。
孔庙中的正殿，名叫“大成殿”，是源于《孟子》中“孔子之谓集大成”的记载。
《孟子·万章下》：“孔子，圣之时者也。孔子之谓集大成。集大成也者，金声而玉振之也。”
宋徽宗在位时，先是下诏将曲阜孔庙的大殿更名为大成殿，十年后，更是直接统一规定所有孔庙的正殿均名为大成殿。自此，孔庙的正殿已经有了一个明确的专属名称。除此之外，在孔庙大成殿的前方，有一处用于祭祀的露台，被称为“月台”。在祭孔大典时，月台上会展演古代佾舞。佾舞是一种宫廷乐舞，只有古代贵族才得以配享。
《春秋穀梁传》：“穀梁子曰：‘舞《夏》，天子八佾，诸公六佾，诸侯四佾。’”
根据《周礼》记载，八佾舞是只有天子能够使用，孔子最多只得配享六佾舞。但是，自唐代后孔子身份高贵，人们认为用八佾舞祭祀孔子才能配得上他有教无类的贡献。所谓八佾，是指8行8列共64人组成的舞群，而六佾则是36人的方阵。佾生右手执羽，左手执龠，分东西两班对称而立。
六佾舞
除了大成殿外，明伦堂也是孔庙中非常重要的一处特色。明伦堂之名同样源于《孟子》，是用于读书、讲学、传道的场所，简而言之就是教室。但奇怪的是，曲阜孔庙似乎本就未建明伦堂，在整个孔庙之中只见诗礼堂。
《孟子·滕文公上》：“夏曰校，殷曰序，周曰庠；学则三代共之，皆所以明人伦也，人伦明于上，小民亲于下。”
万仞宫墙，也是一处相当重要的特征。在孔庙建筑群的最南面，都设有一道宫墙。之所以名为“万仞”，则是出自于《论语》一书中。
《论语·子张第十九》：“叔孙武叔语大夫于朝曰：‘子贡贤于仲尼。’子服景伯以告子贡。子贡曰：‘譬之宫墙，赐之墙也及肩，窥见室家之好。夫子之墙数仞，不得其门而入，不见宗庙之美，百官之富。得其门者或寡矣。夫子之云，不亦宜乎？’”
在古代，一仞约为7尺或8尺。子贡认为孔子的学术渊博，有万仞之高，而自己的学问，不过就到肩膀而已。到了明代，曾经任职山东巡抚的胡缵宗，便在曲阜孔庙的南墙上提了“万仞宫墙”四字。不过，现今曲阜孔棉南墙上的字，并非嘉靖时的胡缵宗真迹。清代乾隆皇曾经亲临曲阜孔庙，一时龙心大悦的他，就刮去了胡缵宗的笔迹，题上了御笔。
万仞宫墙
随着孔子越来越受大众推崇，孔庙可以设置的建筑规格也就越来越高。明代以后，孔庙开始出现“棂星门”作为孔庙中轴线上的牌楼式建筑。所谓棂星，实际上就是灵星，为28星宿之一。灵星被视为天上的文星，棂星门的设置，也就意味着世人将孔子视为文星下凡，要来教化众人。
棂星门
自孔子在唐代被追封为“文宣王”后，孔庙不止于祭祀时可能采用了八佾舞，在建筑的南面，也增设了泮池。泮池是诸侯才可使用的学院形式，在古代，天子的太学成为辟雍，外部环绕一圈水池。而诸侯只得于学院南面设置一处水池。唐代以后，孔子被尊称为文宣王，仅次于帝位，也得以配用泮池。后来，泮池逐渐成为学子入学时必经的道路。学生入学典礼时，要从泮池走过，自正衣冠，洗净双手，然后再入院学习圣人的经典。
泮水桥
三孔巡礼：
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